Los órganos de gobierno y participación del Colegio Mayor Cardenal Cisneros son los siguientes enumerados jerárquicamente:

1. Colegiados:

• El Patronato.
• La Comisión Directiva.
• El Consejo de Dirección.
• La Asamblea Colegial.
• El Consejo Asesor de profesores de la Universidad de Granada y Junta de gobierno de la Asociación de Antiguos Colegiales como órgano participativo.

2. Unipersonales:

• Director: D. Francisco José García Lozano

COMISIÓN DIRECTIVA: CURSO 2019-2020

• Director:  D. Francisco José García Lozano
• Adjunta a Dirección:  Dña. Rosalía López Fernández
• Adjunto a Dirección:  D. Antonio Fajardo Gómez de Salazar
• Representante de la Entidad Titular:  D. Fernando Colodro Campos
• Representante de los Colegiales:  D. Francisco Javier Alías Carrascosa
• Representante del P.A.S.:  D. Manuel Mata Torres

CONSEJO DE DIRECCIÓN: CURSO 2019-2020

• Director:  D. Francisco José García Lozano
• Adjunta a Dirección:  Dña. Rosalía López Fernández
• Adjunto a Dirección:  D. Antonio Fajardo Gómez de Salazar
• Decano:  D. Francisco Javier Alías Carrascosa
• Consejeros:
  • D. Javier Bravo Santos
  • Dña. Inés de Lázaro Ramírez
  • Dña. Andrea Segura Navarro
  • D. Yaser Soulman-Riffi Pouso

DELEGADOS/AS

• Bibliotecario Mayor: D. Jose Miguel Jiménez Díaz
• Conferencias: D. Yaser Soulman-Riffi Pouso
• (Subdelegada conferencias): Dña. Lucía Castellano Lopezosa
• Cine-club: Dña. Gloria García Mintegui
• Cursos-Seminarios: D. Antonio Fajardo Gómez de Salazar
• Deportes femenino: Dña. Ana Collazo Castiñeira
• Deportes masculino: D. Jesús Gabriel Robles Narbona
• Foto-club: D. José Alberto Gómez García
• Grupo de música: D. Pablo Polaina Bustos
• Musical: Dña María Ángeles Prado Gómez y D. Francisco de Asís Villalba Armario
• Pastoral: Dña. María Parra López y D. José Fernando Ollero Posadas
• Teatro: Dña. Isabel Ferro Moral y D. Álvaro Martínez Peña
• Oratoria: Dña. María García Cabrera y D. Juan Ramón López Martínez

SUBDELEGADOS/AS

• Ajedrez: D. Luis Martínez Jiménez
• Baloncesto masculino: D. Francisco Lupión Lorente
• Balonmano masculino: D. Manuel Juan Sélas
• Botiquín: D. Víctor Haro González Vico y Dña. Andrea Segura Navarro
• Futbol masculino: D. José Antonio Sánchez Martínez
• Futbol-sala masculino: D. Alberto Venegas Martínez
• Futbol-sala femenino: Dña. Marta Quesada Alonso
• Gimnasio: D. Julio Vargas Cámara
• Juegos de Mesa: Dña. Alejandra Martín Lillo y D. Jorge Mejía Marín
• Paddle femenino: Dña. Ángela Delgado Hernández
• Paddle masculino: D. Gonzalo Rodríguez Fernández
• Tenis: D. Pablo Giménez Meléndez
• Tenis-mesa:  D. José Antonio Moreno Quesada
• Voleibol femenino:  Dña. Carmen María Hardy Añón
• Voleibol masculino: D. Francisco Latorre Flores
• Rugby masculino: D. Esteban Rueda Soler
• Atletismo: Dña. Margalida Perelló Maura y D. José Antonio Ocaña Molinero
• Senderismo: D. Juan Carlos García Sedano
• Juego de Rol: D. Juan Andrés Peña Maldonado
• Fiestas y cumpleaños: D. Miguel Cid Cifuentes y Dña. Irene Lázaro Mirón